Races Laitières France Génétique Elevage : " De nouveaux index bovins laitiers, une évaluation génomique encore plus fiable !"

Index Mammites cliniques (MACL)
L’évaluation génétique de la résistance aux mammites utilise l’enregistrement des mammites cliniques pour chaque vache par les Organismes de Conseil en Elevage (OCEL), à partir des déclarations des éleveurs. Cet index a vu le jour grâce aux efforts conjugués des partenaires nationaux (INRA, Institut de l’Elevage, France Conseil Elevage) et de tous les OCEL. Un travail considérable a été réalisé par les OCEL depuis 5 ans pour inciter les éleveurs à signaler toutes les mammites, adapter les outils des techniciens et organiser la remontée des données au plan national.

La résistance aux mammites cliniques est peu héritable (h²=2 à 3%) : les facteurs liés au milieu sont prépondérants et la sélection de ce caractère s’ajoute aux autres leviers d’amélioration de l’état sanitaire d’un troupeau. Mais la variabilité génétique est importante : 8% de mammites cliniques en moins pour les filles d’un taureau holstein évalué à +2 par rapport à un autre indexé à -2 !

Une gamme élargie de critères de mesure de la fertilité (FERg et IVIA1)
Jusqu’à présent, seul l’index « taux de conception Vaches » (FERv) était publié pour mesurer la fertilité des femelles laitières. Il traduit l’aptitude à la fécondation et les problèmes liés à la mortalité embryonnaire, qui correspondent à des propriétés génétiques différentes des vaches et des génisses. Cela s’explique entre autres par la compétition physiologique entre production et reproduction pour les vaches laitières, absente chez les génisses. On publie maintenant un second index, le Taux de Conception des génisses (FERg), calculé avec la même méthode que pour les vaches.

Enfin, l’index Intervalle Vêlage – 1ère IA (IVIA1) renseigne sur le délai de reprise de la cyclicité des vaches, information qui, jusqu’à présent, manquait au panel des évaluations. Sa variabilité génétique est importante : entre deux taureaux à +2 -2, 10 jours de moins entre le vêlage et la 1ère IA en montbéliarde et normande, 15 jours en holstein !

Etat corporel en race Holstein
Toujours dans l’optique d’une recherche de critères relatifs à la fertilité des femelles, l’OS Holstein a organisé la collecte de notes d’Etat Corporel lors des visites de pointage. Ces observations sont maintenant intégrées dans les évaluations des caractères de morphologie.

Conclusion
Les éleveurs et les responsables des schémas de sélection disposent donc maintenant d’une gamme de critères de sélection enrichie pour deux des critères essentiels pour la durabilité d’un troupeau, à savoir la résistance aux mammites et la fertilité des femelles.
Les mêmes outils seront bientôt développés pour les races régionales. L’ISU sera revu et intègrera des index de synthèse rénovés (fertilité et santé de la mamelle) pour faciliter la prise en compte des nouveaux caractères dans les objectifs de sélection.

De la SAM à la Sélection Génomique

Un an après la 1ère publication, les évaluations SAM des taureaux s’améliorent, grâce aux efforts conjugués des Entreprises de Sélection françaises, de l’équipe SAM (INRA, UNCEIA et Institut de l’Elevage) et grâce à la collaboration développée avec les partenaires du consortium Eurogenomics.

Très forte augmentation de la taille de la population de référence
Cette population est constituée de taureaux génotypés et évalués d’après les performances de leurs filles. Elle sert de base à la définition des régions chromosomiques d’intérêt et au calcul des effets génétiques. Plus cette population est grande, meilleure est la fiabilité des index. Les efforts des Entreprises de Sélection, et pour la race holstein, la collaboration Eurogenomics (France, Allemagne, Pays Bas, Danemark, Finlande et Suède), ont permis une très forte augmentation des tailles des populations de référence : en 1 an passage de 800 à 1 250 en race normande et 1 500 en race montbéliarde, et de 2 000 à 16 000 en race holstein.

Un suivi des régions chromosomiques plus étendu
La méthode d’évaluation a évolué afin d’améliorer le suivi de nouvelles régions chromosomiques. Nous sommes passés de 30 à 40 régions suivies à 150-700 selon les races et les caractères.  La prise en compte des performances des femelles est modifiée
Les travaux français et étrangers montrent que dans la situation actuelle où le nombre de femelles
génotypées est limité, il est préférable d’inclure les performances de la mère d’un taureau au niveau
du grand-père maternel plutôt que de les considérer directement. Cette évolution, validée par tous
les partenaires d’Eurogenomics, limite l’impact des traitements préférentiels (volontaires ou non) des
mères à taureaux qui, jusqu’ici, entraînaient la surestimation des index de certains jeunes veaux. Elle
permet aussi un meilleur interclassement des mâles issus de pedigrees étrangers ou originaux.

De nouveaux index SAM
Enfin, lors de l’évaluation de juin 2010, de nouveaux caractères seront évalués : 5 caractères fonctionnels (longévité, facilité de naissance et de vêlage, vitalité des veaux à la naissance et au vêlage) et les derniers caractères de morphologie non encore intégrés (4 à 10 selon les races).

Les principales conséquences sont les suivantes :
L’amélioration de la précision des index génomiques est importante, plus marquée pour les caractères les moins héritables (fonctionnels, aplombs) et le développement de la mamelle. L’élargissement de la population de référence permet de plus forts gains de CD en holstein. Les évolutions d’index pour certains mâles peuvent être importantes. Elles sont liées à une meilleure identification et connaissance des régions chromosomiques intervenant dans l’expression des caractères. Ces variations d’index font partie du cheminement vers la valeur génétique vraie d’un taureau, limitant les surprises après la naissance de ses filles !

Conclusion
La méthode française est le fruit d’une longue expérience, commencée il y a 10 ans avec le premier programme SAM qui nous a permis, pas à pas, de rechercher l’approche la plus efficace et de valider tous les choix. Elle a aussi bénéficié des échanges avec nos partenaires d’Eurogenomics, qui ont permis d’accroître considérablement la population de référence et donc la précision des index en race Holstein, et de réfléchir collectivement à certaines questions méthodologiques.

Tous les changements n’ont qu’un seul but : améliorer la précision et la fiabilité des index dans l’intérêt des éleveurs et de leurs schémas de sélection.

Dates des publications :
· Index sur performances : 17 juin 2010
· Index SAM : 25 juin 2010

• Plus d'information sur le site de l'Institut de l'Elevage, ICI